吴起镇守西河期间,强调兵不在多而在“治”，首创考选士卒之法：凡能身着全副甲胄，执12石之弩(12石指弩的拉力,一石约今30公斤)，背负矢50个，荷戈带剑，携三日口粮，在半日内跑完百里者，即可入选为“武卒”，免除其全家的徭赋和田宅租税，并对“武卒”严格训练，使之成为魏国的精劲之师。吴起治军，主张严刑明赏、教戒为先，认为若法令不明，赏罚不信，虽有百万之军亦无益，曾斩一未奉令即进击敌军的材士以明法。

　　吴起做将军时，和最下层的士卒同衣同食。睡觉时不铺席子，行军时不骑马坐车，亲自背干粮，和士卒共担劳苦。士卒中有人生疮，吴起就用嘴为他吸脓。这个士卒的母亲知道这事后大哭起来。别人说：“你儿子是个士卒，而将军亲自为他吸取疮上的脓，你为什么还要哭呢？”母亲说：“不是这样。往年吴公为他父亲吸过疮上的脓，他父亲作战时就一往无前地拼命，所以就战死了。现在吴公又为我儿子吸疮上的脓，我不知他又将死到那里了，所以我哭。”

　　魏文侯死后，吴起继续效力于他儿子魏武侯。武侯曾与吴起一起乘船顺西河而下，船到中流，武侯说：“美哉乎山河之固，此魏国之宝也!”吴起对他说：“国家最宝贵的是君主的德行，而不在于地形的险要。从前三苗氏左边有洞庭湖(今湖南洞庭湖)，右边有彭蠡湖(今江西鄱阳湖)，但不讲求德义，大禹把它消灭了。夏桀所处的地方，左边有黄河和济水，右边有泰华山，伊阙(又名龙门山），在今河南洛阳南)在南，羊肠(在今山西晋阳西北)在北，施政不讲仁爱，商汤将他流放了。殷纣王的国家东面有孟门(古隘道名，在今河南辉县西)，西面有太行山，常山(即恒山，在今山西浑源县东)在北面，黄河在南面流过，地势也无比险要，但施政不讲道德，周武王把他杀了。由此看来，治理国家在于君主的德行，而不在于地形的险要。如果君主不讲德行，就是一条船中的人也都会成为敌国的人。”武侯说：“你说得很对。”

　　吴起任西河的守将，威信很高。魏国选相，很多人都看好吴起，可是最后却任命田文(魏贵戚重臣)为相。吴起很不高兴，他向田文说：“请你和我比一比功劳可以吗？”田文说：“可以。”吴起说：“统领三军，使士卒乐于为国牺牲，敌国不敢图谋进攻我们，你比我怎样？”田文说：“我不如你。”吴起说：“管理各级官员，亲附人民，使财力充裕，你比我怎样？”田文说：“我不如你。”吴起说：“镇守西河地区，使秦军不敢向东扩张，韩国和赵国都尊从我们，你比我怎样？”田文说：“我不如你。”吴起说：“这三方面，你都不如我，而你的职位都比我高，这是为什么？”田文说：“国君年少，全国忧虑，大臣没有亲附，百姓还不信赖，在这个时候，是由你来任相合适呢？还是由我来任相合适呢？”吴起沉默了很久然后说：“应该由你来任相。”田文说：“这就是我所以职位比你高的原因。”吴起才知道自己不如田文。

　　田文死后，公叔任相，他妻子是魏国的公主，公叔对吴起非常畏忌，便想害吴起。他有个仆人对他说：“吴起很容易除掉。”公叔说：“怎么办？”仆人说：“吴起为人有节操，廉洁而重视声誉，你可以先向武侯说：‘吴起是个贤明的人，我们魏国属于侯一级的小国，又和强秦接壤，据我看，恐怕吴起不想长期留在魏国。’武侯必然要问：‘那怎么办呢？’你就乘机向武侯说：‘君侯可以把一位公主许配给吴起，他如果顾意留在魏国就必定欣然接受，如果不顾意留在魏国就必然辞谢。以此就可以探测他的想法了。’然后你再亲自把吴起邀到你的府上，使公主故意发怒而轻谩你。吴起看见公主那样轻贱你，他想到自己也会被轻贱，就会辞而不受。”于是照计行事，吴起果然看见公主轻谩魏相就辞谢了武侯。武侯因而对吴起有所怀疑而不信任他了。吴起害怕武侯降罪，于是离开魏国到楚国去了。

　　楚悼王平素听说吴起很能干，吴起一到楚国就被任为相。他严明法令，撤去不急需的官吏，废除了较疏远的公族，把节省下的钱粮用以供养战士。主要目的是加强军队，破除纵横稗阖的游说。于是南面平定了百越；北面兼并了陈国和蔡国，并击退了韩、赵、魏的扩张；向西征伐了秦国。因此诸侯都害怕楚国的强大。原来楚国的贵族都想谋害吴起。到楚悼王死后，公族责成和大臣叛乱而攻击吴起，吴起跑到楚悼王的尸体旁伏在尸体上，意在以此或者可使作乱者有所顾忌，若作乱者无所顾忌，射我必中王，中王，自然就暴露他们是反叛的罪人。但追杀吴起的楚贵族还是射杀了吴起，箭也射到了悼王的身上。这一年是公元前381年。悼王葬后，太子(楚肃王戚)即位，就派令尹(楚国的最高军政官员)杀了所有因射刺吴起而同时射刺中了悼王尸体的人。由于射刺吴起被诛灭宗族的有七十多家。

　　吴起在政治、指导战争诸方面积累了丰富的经验，他把这些经验深化为军事理论。《汉书·艺文志》著录《吴起》48篇，已佚，今本《吴子》六篇(《图国》、《料敌》、《治兵》、《论将》、《变化》、《励士》)，系后人所托。其主要谋略思想是：“内修文德，外治武备”。他一方面强调，必须在国家和军队内部实现协调和统一，才能对外用兵，提出国家如有“四不和”，就不能出兵打仗；另一方面强调必须加强国家的军事力量。 　　吴起继承了孙武的“知己知彼，百战不殆”的思想，在《料敌》篇中强调了了解和分析敌情的重要意义，并且具体指出了处于6种情况的国家，不可轻易与其作战。他懂得战争是千变万化的，要根据不同的情况而采取应变的措施。在《应变》篇具体论述了在仓卒间遭遇强敌、敌众我寡、敌拒险坚守、敌断我后路、四面受敌及敌突然进犯等情况下的应急战法和胜敌的策略。

　　《治兵》《论将》和《励士》3篇主要阐述了他的治军思想。他认为，军队能否打胜仗，不完全取决于数量上的优势，重要的是依靠军队的质量。质量高的标准是：要有能干的将领，要有经过严格训练的兵士；要有统一的号令；要有严明的赏罚。他重视将帅的作用，尤其是重视将帅的谋略，强调好的将帅应有优良的品质和作风。重视士卒的训练，提高实际作战能力。强调赏功以励士兵。